ก่อนพุทธศักราช 2545 การบริหารราชการโครงการชลประทานในเขตจังหวัดเพชรบุรีและประจวบคีรีขันธ์ขึ้นอยู่กับ
สำนักชลประทานที่10จังหวัดกาญจนบุรีในเขตจังหวัดชุมพรและระนอง ขึ้นอยู่กับสำนักชลประทานที่ 11 จ.นครศรีธรรมราช ต่อมามีคำสั่งกรมชลประทานที่ 490/2545 ลงวันที่11พฤศจิกายน2545ตามพระราชกฤษฎีกาโอนงานการบริหารและอำนาจ
หน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมชลประทาน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้แบ่งส่วนราชการออกเป็น25สำนัก และ 6 กอง นั้น สำนักพัฒนาแหล่งน้ำ 5 เดิมซึ่งมีสำนักงานตั้งอยู่ ที่อาคารวิชาการ กรมชลประทานสามเสน กรุงเทพมหานคร ได้เปลี่ยนเป็นสำนักชลประทานที่ 14 และย้ายที่ทำการ สำนักงานรวมทั้งบุคลากรทั้งหมด มาตั้งสำนักงานชั่วคราวที่โครงการก่อสร้าง 1 บริเวณหัวงานโครงการอ่างเก็บน้ำแม่ประจันต์ อำเภอหนองหญ้าปล้อง จังหวัดเพชรบุรี เมื่อวันที่ 16 เดือนพฤศจิกายน พ.ศ.2545

 ต่อมาเนื่องจากที่ทำการชั่วคราวสำนักชลประทานที่ 14 ที่ตั้งอยู่ที่บริเวณหัวงานโครงการอ่างเก็บน้ำแม่ประจันต์ ไม่สะดวก เนื่องจากห่างไกลจากถนนสายหลักและห่างไกลจากจังหวัดอื่น ๆ ที่ต้องรับผิดชอบดูแลงาน จึงได้ปรับปรุงอาคารพักรับรองของ โครงการส่งน้ำและบำรุงรักษาเพชรบุรี ที่ตั้งอยู่บริเวณถนนชมสินธุ์ อำเภอหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์และได้ย้ายที่ทำการชั่วคราว สำนักชลประทานที่ 14 มาอยู่ที่อำเภอหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ เมื่อวันที่ 14 เดือน กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2546

 เนื่องจากสำนักชลประทานที่ 14 ยังไม่มีที่ทำการถาวรจึงหา ที่ดินที่จะก่อสร้างอาคารที่ทำการถาวร และอาคารบ้านพัก ข้าราชการและพนักงาน อำเภอปราณบุรีได้มอบที่ดินบริเวณหมู่บ้านเบญจพาส ตำบลวังก์พง อำเภอปราณบุรี ซึ่งเป็นที่ดินว่างเปล่า ลาดเชิงเขาเนื้อที่ประมาณ150ไร่กรมชลประทานจึงอนุมัติให้ก่อสร้างอาคารที่ทำการถาวรสำนักชลประทานที่14 และได้ย้ายมา ปฏิบัติงาน ณ ที่ทำการแห่งนี้ เมื่อวันที่ 25 เดือน มีนาคม พ.ศ. 2548 ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา